กองวิชาวิทยาศาสตร์  เป็นหน่วยงานที่ถือกำเนิดพร้อมกับการสถาปนาโรงเรียน
นายเรืออากาศ พ.ศ.๒๔๙๖ ภายใต้ชื่อ " แผนกวิทยาศาสตร์ " ขึ้นตรงต่อกองการศึกษา
โรงรียนนายเรืออากาศ กรมยุทธศึกษาทหารอากาศ (กกศ.รร.นอ.ยศ.ทอ.)
     พ.ศ. ๒๔๙๘  เปลี่ยนชื่อเป็น " กองวิชาวิทยาศาสตร์ " ยังคงขึ้นตรงกับ กกศ.รร.นอ.
ยศ.ทอ. โดยมีหัวหน้ากองวิชาวิทยาศาสตร์ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ
     พ.ศ.๒๕๒๕  แก้ไขอัตรากำลังพลใหม่ เปลี่ยนจากหัวหน้ากองวิชาวิทยาศาสตร์
อัตรา น.อ. เป็น " ผู้อำนวยการกองวิชาวิทยาศาสตร์ " อัตรา น.อ.พิเศษ
     พ.ศ.๒๕๓๕ โรงเรียนนายเรืออากาศเป็นหน่วยขึ้นตรงกองทัพอากาศ ดังนั้น
กวว.กกศ.รร.นอ.ยศ.ทอ. จึงเปลี่ยนเป็น " กวว.กกศ.รร.นอ. "
     พ.ศ.๒๕๓๙ โรงเรียนนายเรืออากาศเป็นหน่วยขึ้นตรงกองบัญชาการฝึกศึกษาทหาร
อากาศ ดังนั้น กวว.กกศ.รร.นอ. จึงเปลี่ยนเป็น " กวว.กกศ.รร.นอ.บศอ. "
     พ.ศ.๒๕๕๒ โรงเรียนนายเรืออากาศเป็นหน่วยขึ้นตรงกองทัพอากาศ ดังนั้น
กวว.กกศ.รร.นอ.บศอ. จึงเปลี่ยนเป็น " กวว.กกศ.รร.นอ." ยังคงมีผู้อำนวยการกองวิชา
วิทยาศาสตร์ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ

กองวิชาวิทยาศาสตร์มีผู้อำนวยการกองวิชามาแล้ว ๙ คนดังนี้
๑. น.อ.ภัสสร               พนมวัน ณ อยุธยา(รรก.)  ๑ ต.ค.๒๕ - ๓๐ ก.ย.๒๗
๒. น.อ.แก้ว                 สงขาว(รรก.)                 ๑ ต.ค.๒๗ - ๓๐ ก.ย.๓๒
๓. น.อ.หญิง สมจินตนา  กิจการ                         ๑ ต.ค.๓๒ - ๓๐ ก.ย.๓๖
๔. น.อ.หญิง สุรางค์      โทณานนท์                    ๑ ต.ค.๓๖ - ๓๐ ก.ย.๓๙
๕. น.อ.หญิง พักตร์พริ้ง  เวียรศิลป์                      ๑ ต.ค.๓๙ - ๓๐ ก.ย.๔๓
๖. น.อ.สมประสงค์        เปลี่ยนคง                      ๑ ต.ค.๔๓ - ๓๐ ก.ย.๔๗
๗. น.อ.วินัย                จันทร์เปล่ง                     ๑ ต.ค.๔๗ - ๓๐ ก.ย.๔๙
๘. น.อ.สมโภชน์          ผิวเหลือง                       ๑ ต.ค.๔๙ - ๓๐ ก.ย.๕๓
๙. น.อ.วิรัตน์               ศิริวัฒน์                         ๑ ต.ค.๕๓ - ปัจจุบัน